少年三国志2的核心游戏机制建立在深度的策略战斗系统之上，玩家需要通过招募各具特色的武将、培养精锐部队并运用智慧指挥战斗，其中兵种搭配如弓兵、骑兵和步兵各自拥有不同的优势和适用场景，技能释放时机和地形利用也对战斗结果产生关键影响，这种策略性延伸至多人在线对战，玩家可以争夺资源与地盘，提升个人实力。
武将系统是游戏中的重要组成部分，包含多种特殊机制如武将觉醒，玩家可以将将魂与银币投入熔炼系统获取配饰养成材料，此外武将在战斗中可能触发变身机制，例如在释放必杀技或血量较低时满血进入变身状态并立刻发动变身技，同时闪避机制允许武将通过技能、神兵和宝石提升闪避几率，从而规避大量输出，合击技则通过兵符释放，不再绑定特定武将，为战斗增添变数。
游戏中的副本设计引入了丰富的探索和机关互动机制，玩家在副本如时空外传中需遵循路线指引，优先选择特定路径并留意隐藏元素如黄色符纸和宝箱，这些资源多藏在角落或机关附近，传送阵按颜色区分相同颜色可互相连通以节省移动时间，机关操作如关闭尖刺陷阱或调整方向是通关的关键步骤，玩家需逐一获取宝箱并摧毁帐篷以实现完美通关。
多种系统机制为玩家提供了战力提升的途径，太极羽衣系统可通过消耗资源获得并为武将提供攻击力、防御力和生命值等属性加成，其适用范围包括主将和副将且可进行升级，虚战系统中的神兽秘境需要达到一定等级解锁，玩家击败秘境迷失者和守将以获取神兽碎片和元宝，锦囊系统分为属性锦囊和技能锦囊共28个类型，搭配时需考虑武将特性如攻击型或辅助型，兵符系统通过收集碎片合成不同效果兵符并可通过升星强化，战法系统则分为攻击、辅助和治疗类别，可通过剧情任务和商城获取，高品质战法效果显著但获取难度较大。
多人玩法和限时活动丰富了游戏的互动性，逐鹿天下玩法包含阵营对抗模式如曹操和袁绍两大阵营，涉及阵营兵种和新的资源点，玩家参与这些对战能大幅提升实力并结识伙伴，限时活动如金将登场和限时商人提供超值出售金将碎片或金将令，回归活动则允许玩家领取回归玉锭和天金武将等奖励，这些机制通过动态调整难度和概率补偿机制，增加了游戏的策略深度和可持续性。
